Yacanto surge como un obsequio que el gobernador Pedro de Mercado de Peñaloza, le hizo al General Manuel de Fonseca Contreras el 15 de Octubre de 1.598. Tiempo después estas tierras fueron propiedad de la Compañía de Jesús.
La fundación del pueblo data del 29 de noviembre de 1768, fecha en que Dalmacio Vélez realiza la mensura de la extensa propiedad jesuítica de la estancia de San Ignacio, luego de la expulsión de los jesuitas en 1767. Desde entonces este puesto fue conocido como Estancia de Yacanto de San Ignacio.