Este Pueblo de la Laguna, nació en 1574, cuando las tropas de Jerónimo Luis de Cabrera tomaron la región y repartieron sus tierras.
Tiempo más tarde, en el año 1796, en la zona de los Indios Quilinones se levantó un pueblo de españoles e indígenas. Tal vez por ello el trazado urbano coincide con los asentamientos indígenas.
Lo que hoy se conoce como Villa Quilino fue creado en 1870, pero, recién en 1877 se dan los títulos que otorgan las tierras a la comunidad de Quilino.
El principal establecimiento se produce con la aparición de Estación Quilino, creada mediante decreto del Gobierno cordobés. Por medio de éste también se ordenaba la subdivisión de tierras y la instalación de una dependencia del Ferrocarril Central.